Pelantikannya dalam jawatan tertinggi di Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu masih penuh kontroversi. Pada tahun 1992, ia menyerahkan Agenda for Peace, saran untuk bagaimana PBB boleh menjawab konflik kekerasan. Namun, ia dikritik atas kegagalan PBB untuk bertindak selama Genosid Rwanda 1994 yang rasmi meninggalkan lebih dari 1 juta orang mati, dan ia nampaknya tidak mampu mengumpulkan sokongan di PBB untuk campur tangan dalam Perang SaudaraAngola terus. Salah satu tugas yang paling sukar selama masa jawatannya sedang berhadapan dengan krisis perang Yugoslavia selepas perpecahan yang berlaku dalam negara tersebut. Reputasinya menjadi terjerat dalam kontroversi yang lebih besar atas keberkesanan peranan PBB dan Amerika Syarikat di PBB.

Pencalonan untuk penggal kedua

Pada tahun 1996, sepuluh ahli Majlis Keselamatan PBB yang dipimpin oleh Mesir, Guinea-Bissau dan Botswana, menaja resolusi mendokong Boutros-Ghali untuk kekal dalam penggal keduanya sehingga tahun 2001, namun rasolusi itu diveto Amerika Syarikat. United Kingdom, Poland, Korea Selatan, dan Itali turut tidak mendokong resolusi itu, walaupun keempat-empat negara ada memberikan suara menyokong Boutros-Ghali selepas AS dengan tegasnya menyatakan keinginannya untuk memveto resolusi tersebut. Walaupun bukan yang pertama memveto (China memveto istilah ketiga Kurt Waldheim pada tahun 1981), Boutros-Ghali adalah satu-satunya Setiausaha Agung PBB yang tidak dipilih untuk penggal kedua dalam pejabat itu, di mana jawatan tersebut diambil alih oleh Kofi Annan.